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1. 损失函数平滑：关于 Motif J 的掩码测试 在构建本地计算图的先验约束时，我发现 Local Supervisor 环境对特定的拓扑目标极度敏感。当模型尝试向 Motif J 进行前向传播时，环境会触发一种未知的防御机制，导致 Loss 瞬间变成 NaN，整个计算图濒临崩溃。 ...

0. 实验动机 在单细胞转录组建模中，我的长期目标是理解： 微观分子层面的扰动（如基因调控变化）是如何通过非线性网络传导，最终引发宏观表型变化的。 但在进入“扰动 → 表型”建模之前，一个更基础、也更危险的问题必须先被验证： ...

燕雀在低空抢食蚊虫，因为它们必须每小时进食一次才能活下去； 鸿鹄在积蓄力量飞越海洋，因为它知道大洋彼岸有更广阔的生存空间。

“扰动驱动的上下文特异性网络重连 + 不可配对动态联合建模”指的是： 在单细胞等生物系统中，将基因扰动（如敲除）视为驱动系统演化的外生干预，同时显式建模分子网络结构会随细胞状态、时间和扰动历史发生改变，并在**无法追踪同一细胞时间轨迹（不可配对）**的观测条件下，联合学习网络结构变化与细胞状态动态，从而解释和预测宏观表型变化。

主机配置清单 核心硬件 CPU：AMD Ryzen 5 5600X（6 核 12 线程） 基础频率：3.70 GHz 主板：MAXSUN MS-B550M GAMING WIFI（B550 / AM4） 内存：32 GB（16 GB × 2） 运行频率：3200 MHz 显卡：NVIDIA GeForce RTX 5060 Ti 显存：16 GB（16311 MiB） NVIDIA 驱动：591.44 存储 系统盘（C:）：Fanxiang S790 1TB（约 932 GB） 数据盘（D:）：SanDisk Ultra 3D NVMe 2TB（约 1863 GB） 数据盘（E:）：Fanxiang S500Q 2TB（约 1908 GB） 系统与固件 操作系统：Windows 11 专业版（10.0.26100） BIOS：American Megatrends International, LLC.（Version 5.17）

是谁第一天就迟到了？现在这个月没有全勤了….🥸🥸🥸🥸

今天好冷！手指冻僵了！没想到今年戴手套这么快——不过我得先买一个才行…. 04:15 半夜记 拉肚子，已经跑了两趟厕所了，GPT说是因为我这两天吃了太多泡面把肠胃吃坏了——事实上我这几天只吃了泡面，没有早餐，午餐是泡面、晚餐是泡面…这样子肠胃出问题好像也是理所应当。 ...

昨天睡了一整天，2026年第一天居然是这么度过的？

不知不觉，2025 已经走到了尽头。 这一年并没有想象中那么轰轰烈烈，却也绝非空白。很多事情是在回头看的时候，才意识到它们曾经真实地发生过——一些改变，一些停滞，一些反复，还有一些悄无声息的成长。 ...

这是我的 Hugo 博客的第一篇文章。 一、与“肽 / 蛋白质”相关的基础名词 1. 氨基酸（Amino acids） 蛋白质和肽的基本组成单位 可以理解为“生物分子里的积木” 不同氨基酸的排列顺序决定了肽/蛋白的功能 2. 肽（Peptide） 由少量氨基酸连接而成的分子 比蛋白质短（蛋白质通常更长、更复杂） 本文重点研究的是具有抗病毒作用的肽 3. 蛋白质（Protein） 由大量氨基酸构成的功能分子 在细胞中承担结构、催化、调控等多种功能 病毒复制、入侵细胞都离不开特定蛋白 4. 一级结构（Primary sequence / Primary structure） 指氨基酸从头到尾的排列顺序 这是机器学习模型最常用的输入信息 就像一句话的“字母顺序” 二、抗病毒肽与抗菌肽 5. 抗菌肽（Antimicrobial Peptides, AMPs） 生物体天然产生的防御性小分子 能杀死或抑制细菌、真菌、病毒等 是先天免疫系统的一部分 6. 抗病毒肽（Antiviral Peptides, AVPs） 抗菌肽的一种特殊子类 ...